Die Arbeit der Flussschifferkirche hat zwei Hauptbereiche: Ein Team der Binnenschifferseelsorge bestehend aus ehrenamtlichen Helfern und Diakonen fährt zweimal in der Woche mit der über 80 Jahre alten Barkasse Johann Hinrich Wichern in das Hamburger Hafengebiet und sucht die Binnenschiffer und ihre Familien an ihrem Arbeitsplatz auf. Und verlässlich an jedem Sonntag um 15 Uhr wird auf der Flussschifferkirche ein Gottesdienst gefeiert, ehrenamtlich gehalten von Pastor/innen, Prädikant/innen und Diakon/innen. Zusätzlich finden Taufen, Trauungen, Segenshandlungen, Trauerfeiern und kulturelle Veranstaltungen statt.